肥宅审校
阿囡湖
生物学家在科学界经常被黑。有这样一个段子，把一只蚱蜢放在桌子上，对它大喊，蚱蜢跳开。之后把没有后腿的蚱蜢放在桌子上，对它大喊，蚱蜢没反应，由此断定——蚱蜢的听觉器官是后腿。
诚然，没有像段子里这么蠢的生物学家，但是这至少说明了现代生物学研究问题的一个方法——将一部分结构失效，观测其它部分的变化。除了直接将后腿敲除外，还可以将后腿的作用抑制，抑制有时相比敲除能更精确判断目标的作用，倘若这个例子中采用抑制的方法——估计也得不出什么别的结果。
DNA聚合酶的抑制在研究mRNA翻译蛋白质的过程中，常采用抑制DNA聚合酶的方法，观测被固定住的DNA聚合酶结构或者其他可检测信息，以研究酶的作用机理.。
CHX就是一种抑制剂，它会卡在真核细胞核糖体的E位点上，在翻译过程中这个位点本应该留给刚交了氨基酸的tRNA，让它在这稍事休息后离开，现在，CHX占据这个位置tRNA也脱不开，翻译过程就会整体卡住。
话虽这么说，可CHX可能并不是一种较好的抑制剂，且不说半抑制浓度有点高，即便加的量很多，抑制得也并不干净。对此，人们一致采用了一个办法——多加几种其它的抑制剂，人们还管这种方法叫cocktail。这个办法很聪明，但又有点蠢，虽然用过这个方法的人都已经用过这个方法了，但是对用这个方法很苦恼的人一定也很苦恼….总之，人们想要开发出一种更好的抑制剂，能够单独发挥作用有效抑制转录。
CHX的类似物
SichenShao和BrianB.Liau就是想解决这一问题的世界杰出头脑之一，在他们的主导下，合成了一众CHX的类似物，使这一困扰人们多年的问题得以迈向下一个台阶。根据之前的研究，新合成的抑制剂和原始的模板CHX相比，在C13位置上的修饰使其获得了更高的抑制翻译效果。
如预期那样，多种化合物都能获得很好的抑制效果，最优异的化合物(8)，当R基团为苯基时，对翻译有更强的抑制效果，不光半抑制浓度是CHX的1/40，浓度提高之后也能做到更彻底的抑制。
为什么化合物(8)能够有比CHX更好的翻译抑制效果？多种工具有助于探究这一问题，比如硫酸二甲酯足迹实验。硫酸二甲酯可以均匀地使GA碱基甲基化，甲基化后的片段会被酶特异性切割，而被抑制剂保护住的核糖体RNA片段则不会被甲基化，避免这种切割，从而剩下更长片段，在凝胶电泳中显示出更加滞后的条带。对比使用两种抑制剂和使用DMSO产生的散点图，发现二者均有一点，相比对照组尤为滞后，这一点被抑制剂保护的位点，是核糖体上的C，而这正是核糖体的E位点。
通过冷冻电镜得出的晶体信息同样显示，化合物(8)占据E位点，而肽基tRNA卡在P位点中，不知道发生了什么，但受到巨大震撼，动弹不得。
加入抑制剂后，P位点中的tRNA采取“非旋转”构象，如果不加入则会旋转进入E，这和CHX完全一致。相比CHX，化合物8的结合方式更类似于LTM，但它比LTM更优秀，LTM只能在翻译起始起到抑制作用，而化合物8可以作用于翻译的任何阶段。
与CHX相比，二者在全基因组范围内对翻译的抑制偏好性是否会有区别呢，足迹实验同样能够给出答案，此次是两种抑制剂对比，在两万余个基因片段中，只有23个二者呈现出了显著抑制效果的偏好性。破碎的RNA片段呈现出21和28nt双峰，分别对应核糖体的“非旋转”及“旋转”构象，化合物8的“非旋转”比例更大，也证实了它的抑制效果好于CHX。
总结本文以一种mRNA翻译抑制剂为模板，合成了其他的抑制剂，通过足迹分析和晶体衍射等手段解释了它为什么好，好在哪。虽然半抑制浓度已经降低了很多，但是从非旋转构象比例来看似乎还有提升的空间嗷，没准小修小补一下把苯环换成其他结构，再做一波类似的表征又能发一篇JACS呢。
“抑制不完全等于完全没抑制”，从专业的角度来看纯属放P。或许应该描述成“效果不佳的抑制只会招致更沉重的抑制”吧。
原文标题：DiscoveryofC13-AminobenzoylCycloheximideDerivativesthat
PotentlyInhibitTranslationElongation
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