我们前面分别讲述了依赖于限制性内切酶的限制性克隆以及依赖于同源臂同源重组的Gibsonassembly。前者的发现使得质粒改造变得成为可能，而后者的发明使得质粒构建变得如此快捷。我们在前文中提到限制性克隆的主要缺点是依赖特异性的酶切位点，然而限制性克隆中的GoldenGate克隆（以下简称GG克隆）则并不逊色于Gibsonassembly，堪称质粒改造王者，根本原因是GG克隆中所用到的IIS酶十分特殊。
限制性内切酶分类繁多，根据切割位点类型分为3类，切得老远老远的是I型；切割识别位点外25个bp左右的是III型；切割识别别位点及其附近的是II型。II型还有特定的亚型，包含IIS类，切割识别位点之外5-6个剪辑对的序列，简略比较图如下：
