JJRed和JJGreen是百萤生物自主研发的核酸染料,JJGreen是一种结合于所有dsDNA双螺旋的具有红色/绿色激发波长的染料,它是GelRed/Green、SYBR、EB核酸染料的完美替代品。今天小萤为大家带来的是这种核酸染料的相关问题解答。
1.在使用该染料进行凝胶电泳时,Marker分辨率低的主要原因是什么?
答:①Marker的加样量:marker有一个推荐浓度范围,选择最高的,样品与Marker含量差别大,也会造成条带错误(这不会是染料的问题,用EB也会存在该问题)。正确的DNA上样量是条带清晰的保证。Marker应该选择在目标片段大小附近的梯带较密的,这样比对才准确。另外注意的是,Marker的电泳条件也要符合DNA电泳的操作标准:如果选择λDNA/EcoRI的酶切marker,需要预先65℃加热5min,冰上冷却后使用。从而避免HindⅢ或EcoRI酶切造成的粘性接头导致的片段连接不规则或条带信号弱等现象。
②凝胶不平整:梳子不干净有污染,加样孔不平整也会影响图的效果;
③电泳条件:电压不稳,电泳时间不超过1h。电压过高,会导致小片段跑出胶,出现条带缺失现象。
④缓冲液:TBE的缓冲能力更强,如果缓冲液缓冲性能下降,会导致DNA电泳条带模糊,不规则迁移等。TAE建议换成TBE效果更好。另外建议配胶时的缓冲液和电泳缓冲液是同时配制。
④染色剂:JJRed是高灵敏的DNA荧光染料,适用于各种电泳分析,操作简单:无须脱色或冲洗。至少可检出20pgDNA,高于EB染色法25-倍。JJRed与dsDNA结合荧光信号会增强-0倍,用JJRed染色的凝胶样品荧光信号强,背景信号低。可适用于多种电泳分析。注意观察凝胶时应根据染料不同,使用合适的光源和激发波长,如果激发波长不对,条带会出现模糊等情况。
2.在JJRed/JJGreen安全性如何?
答:JJRed/JJGreen已经被证明是替代EB、Gel、SYBR染料更为安全的产品。不过,请使用这些试剂时,也要遵循实验室安全条例等。
3.JJRed/JJGreen的结合机制是什么?
答:JJRed/JJGreen作用原理通过静电及电荷相互作用的结合。
4.JJRed/JJGreen检测下限是什么?
答:JJRed/JJGreen是超敏感的染料,至少可检出20pgDNA。然而,染色的灵敏度取决于仪器的性能和曝光设置等。
5.可以重新融化JJRed/JJGreen凝胶,再制备吗?
答:可以,但最好再添加一些染料,保证重新制备凝胶的信号强度。
6.可以提前制作JJRed/JJGreen凝胶,储存供以后使用吗?
答:JJRed和JJGreen染料是稳定的。在保证琼脂糖凝胶的完整性不会被破坏的前提下,你可以将预制的JJRed/JJGreen凝胶储存供以后使用。我们建议在2-8℃避光贮存凝胶。
7.用哪些仪器检测JJRed和JJGreen?
答:JJRed完美兼容紫外透射仪和蓝光透射仪,以及基于汞弧灯和氩离子激光的凝胶扫描仪。JJGreen可使用nm紫外透射仪检测。
8.JJRed和JJGreen可以用来染色单链DNA或RNA吗?
答:JJRed和JJGreen可用于单链DNA和RNA的染色,但JJRed染单链核酸效果比JJGreen敏感5倍左右。使用荧光酶标仪的滴定实验表明,JJRed结合单链DNA和RNA荧光信号约是结合双链DNA的一半左右。
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